أثارت مصادر نيابية متابعة لملف «النافعة» شكوكاً حول دور الخبير الذي كلفه ديوان المحاسبة تقييم العمل، وقد رفض التوقيع على التقرير، اذ يبدو أنه يعمل لمصلحة شركة «إنكربت»، لأنّه سلم جزءاً من العمل بعد حجز النفقة له ورفض أن يستلم بدل أتعابه والتوقيع على التقرير لكي يُصبح رسمياً. كما طالب بعض نواب لجنة تقصي الحقائق المنبثقة من لجنة الأشغال العامة بحضور العميد المتقاعد علي طه الذي تمّ تكليفه إدارة «النافعة» وسبق وحضر إجتماعاً سابقاً للجنة الأشغال وشرح أمامها الكثير من الوقائع، وقد تمّ إعفاؤه من منصبه من دون معرفة الأسباب.
كشفت أزمة النزوح عن غياب التنسيق الفعلي والجدي بين الوزارات، ويقر أحد الوزراء بالاختراق الكبير للمؤسسات الرسمية من قبل المنظمات الأهلية التي تدعم بقاء النازحين ما يجعل المؤسسات الرسمية غير فاعلة وتتخوف من رد فعل تلك المنظمات.